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BLAST の適切な値はどれくらいですか?
BLAST の適切な値はどれくらいですか?
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BLAST を使用する場合、どの程度の値が適切と考えられるかを調べようとしています。
これが配列アライメントのためのツールであることは理解していますが、それが生成する価値の観点から、何が重要な、または信頼できる結果を構成するのかを知りたいです。
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BLAST 検索から得られる E 値の品質を評価する基準は、配列アラインメントの重要性を判断する際に重要です。
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バイオインフォマティクスの領域では、重要でない一致を除外し、生物学的に関連する結果に焦点を当てるために、適切な E 値しきい値が不可欠であると考えられています。
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通常、e-5 のしきい値は、ランダムな偶然によって一致が得られる確率が 100,000 分の 1 に相当し、多くのアプリケーションにとって十分であると考えられます。
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このしきい値により、統計的有意性の高いアライメントのみが考慮されるようになり、誤検知が最小限に抑えられます。
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E 値の計算では、アライメントの長さと、検索対象のデータベース内の一致する配列の全体的な頻度の両方が考慮されます。
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